Pelayanan farmasi di RS dr H Marzoeki Mahdi memberikan pelayanan terhadap kebutuhan farmakologi dan bahan2 medis habis pakai yang diperlukan oleh pasien RS dr H Marzoeki Mahdi, baik pasien rawat jalan maupun rawat inap.
Layanan farmasi diberikan di instalasi farmasi untuk pasien rawat jalan, dan depo farmasi rawat inap untuk pasien yang dirawat inap.
Dengan pemisahan tersebut diharapkan dapat memberikan kemudahan pada pasien dalam mendapatkan pelayanan resep, dan mengurangi waktu tunggu pelayanan obat pada pasien.
Instalasi farmasi juga memberikan layanan konseling obat, dimana konseling tersebut diberikan oleh apoteker yang terlatih untuk melakukan konseling.
Tujuan dari konseling farmasi adalah untuk meningkatkan pemahaman pasien terhadap pengobatan yang diterima dan meningkatkan kepatuhan pasien terhadap pengobatan.